【帝】「英雄と凡人」アムロレイも時代の変化でニュータイプに成り上がったり自宅軟禁されたり

宇宙世紀0079年9月18日、地球連邦軍の新造艦ホワイトベースを追ってジオン公国軍の巡洋艦ムサイが周辺空域に侵入。

ザクによるコロニー内への強襲に遭遇する。

そんな時、当時15歳の少年だったアムロ・レイは、避難の最中に「V作戦」の極秘ファイル（ガンダムの操縦マニュアル）を偶然入手。

アイドリング状態だったガンダムに乗り込み起動。強襲を仕掛けてきたザクを初陣にして2機撃破する。

民間人でありつつもホワイトベースの乗組員としてガンダムに搭乗。

ホワイトベース地球降下を阻止すべく執拗につけまわすジオン軍のエースパイロットシャア・アズナブルの追撃を払い除ける日々が始まる。